• Beolvadás útján, jogutódlással megszűnik a Közigazgatási és Elektronikus Közszolgáltatások Központi Hivatala (KEKKH), általános jogutódja a Belügyminisztérium lesz. Az egységes kormányzati ügyiratkezelő rendszer érkeztető rendszere működtetésével, az okmánylogisztikai feladatok ellátásával, a Kormányzati Ügyfélvonal és a 185 hívószámokon elérhető országos telefonos ügyfélszolgálati rendszer működtetésével, valamint az összerendelési nyilvántartás kivételével a szabályozott elektronikus ügyintézési szolgáltatások (SZEÜSZ-ök) nyújtásával összefüggésben ellátott informatikai és az elektronikus hírközlési tárgyú feladatokkal kapcsolatos magánjogi jogok és kötelezettségek, és a feladatok ellátásához szükséges eszközök tekintetében a vagyoni jogok és kötelezettségek a NISZ Nemzeti Infokommunikációs és Szolgáltató Zártkörűen Működő Részvénytársaságra szállnak át. A NISZ-be átkerülő feladatok ellátásában érintett szervezeti egységek vagy tevékenységek keretében foglalkoztatott közszolgálati tisztviselők foglalkoztatási jogviszonya munkaviszonnyá alakul át. A KEKKH hatáskörébe tartozó, folyamatban lévő elsőfokú hatósági eljárásokat Budapest Főváros Kormányhivatala (BFKH) folytatja le, a belügyminiszterhez elsőfokú hatósági eljárásokat már a folyamatban lévő ügyek esetében is a belügyminiszter folytatja le. A jövőbenáltalános hatáskörű útlevélhatóságként is a miniszter fog eljárni, viszont a magánútlevéllel kapcsolatban továbbra is a járási hivatal látja el az állampolgárokat érintő feladatokat, így például átveszi a magánútlevél kiadására irányuló kérelmet, de az úti okmány érvénytelenítéséről is ő gondoskodik. Ugyanezt a feladatot a magánútlevél, diplomata- és külügyi szolgálati útlevelekkel kapcsolatos közreműködői feladatai körében a konzuli képviselő gyakorolja.
• A Bevándorlási és Állampolgársági Hivataltól az állampolgársági feladatok- és hatáskörök, valamint az ahhoz kapcsolódó jogviszonyok Budapest Főváros Kormányhivatalához kerülnek, hasonlóan több hazai anyakönyvezési feladat- és hatáskörhöz, és a névváltoztatási eljárással kapcsolatos feladat- és hatáskörökhöz, valamint az ahhoz kapcsolódó jogviszonyokhoz.
• A Nemzeti Rehabilitációs és Szociális Hivatal (NRSZH) beolvadásos különválás útján jogutódlással szűnik meg. Főszabályként az NRSZH által ellátott valamennyi feladat tekintetében jogutód a BFKH lesz. Ugyanakkor például a foglalkozási rehabilitációval összefüggő oktatási, innovációs, tárolási, logisztikai, nyilvántartási és informatikai tevékenység, a személyes gondoskodást nyújtó szervezetekben szakmai tevékenységet végző szakképzett személyek működési nyilvántartásának vezetése, a szociális ágazat képzési, továbbképzési, alap- és szakvizsga rendszerének működtetése, a továbbképzési programok minősítése, a szociális szolgáltatások szakmacsoport szakképesítései esetében szakmai vizsga szervezése, a Szociális Ágazati Portál működtetése, a Nemzeti Drogellenes Stratégia végrehajtásához irányelvek és standardok kifejlesztése, és a fejlesztő foglalkoztatás pályáztatása és finanszírozása, valamint a szociális intézményi foglalkoztatás és a szociális foglalkoztatás finanszírozása keretében ellátott feladatai tekintetében a Szociális és Gyermekvédelmi Főigazgatóság lesz az NRSZH jogutódja. Míg a fellebbezés elbírálására jogosult hatóságként és felügyeleti szervként ellátott azon tevékenysége tekintetében, amelyek esetében első fokon 2016. december 31. napját követően is a fővárosi és megyei kormányhivatalok járnak el, és az Európai Társadalombiztosítási Platformban betöltött tagsága tekintetében jogutódja az Emberi Erőforrások Minisztériuma.
• A Rehabilitációs Szakigazgatási Rendszer működtetése és fejlesztése keretében ellátott, a szociális és gyermekvédelmi ellátások országos nyilvántartásával összefüggő, vagy például az egységes örökbefogadási nyilvántartással összefüggő feladatai tekintetében az Országos Nyugdíjbiztosítási Főigazgatóság (a továbbiakban: ONYF) lesz a jogutód.
• Kijelölésre kerülnek a nyugdíjbiztosítási igazgatási szervek is: így a járási hivatal [fővárosi és megyei kormányhivatalnak a kijelölt járási (fővárosi kerületi) hivatala], a fővárosi és megyei kormányhivatal (a Pest Megyei Kormányhivatal kivételével), a Nyugdíjfolyósító Igazgatóság, és az Országos Nyugdíjbiztosítási Főigazgatóság Központja. Nyugdíjfolyósító szervként a Nyugdíjfolyósító Igazgatóság kerül kijelölésre.
• Jogutód nélkül szűnik meg a Nemzeti Művelődési Intézet. A Magyar Nemzeti Digitális Archívum és Filmintézet digitalizálási feladatait 2017. január 1-jétől a Forum Hungaricum Közhasznú Nonprofit Korlátolt Felelősségű Társaság látja el.
• Beolvadás útján jogutódlással szűnik meg a Nemzeti Kulturális Alap Igazgatósága. Általános jogutódja az Emberi Erőforrás Támogatáskezelő, míg az előadó-művészeti szervezetek működésével összefüggő közigazgatási hatósági és szolgáltatási feladat- és hatáskörök, valamint az ahhoz kapcsolódó jogviszonyok tekintetében a Pest Megyei Kormányhivatal.
• Az Országos Egészségbiztosítási Pénztár (OEP) elnevezése 2017. január 1-jén Nemzeti Egészségbiztosítási Alapkezelőre (a továbbiakban: NEAK) változik, és ellátja az OEP korábbi feladatait. A NEAK gazdálkodásával és üzemeltetésével kapcsolatos egyes, korábban az OEP által ellátott feladatokat, az Egészségbiztosítási Alap irányításával kapcsolatos feladatokat az Emberi Erőforrások Minisztériuma látja el. Az új szabályok értelmében a minisztériumhoz kerül majd a pénzügyi ellenőrzés is. Az egészségbiztosítási ellátásokkal, a baleseti táppénzzel és az utazási költségtérítéssel kapcsolatos feladat- és hatáskörök, valamint az átvett feladat- és hatáskörökhöz kötődő foglalkoztatotti állomány, tárgyi eszköz és egyéb más, vagyoni értékű jogok tekintetében az ONYF az OEP jogutódja. Az egészségbiztosítási pénztári feladatokat a BFKH, illetve a megyeszékhelyen működő járási hivatalok látják el. A BFKH emellett az az ONYF Központjának egyes hatósági feladat- és hatásköreit, valamint az azokhoz kapcsolódó jogviszonyokat, a BFKH VIII. Kerületi Hivatala pedig az ONYF Nyugdíjfolyósító Igazgatóságának egyes hatósági feladat- és hatásköreit, valamint az azokhoz kapcsolódó jogviszonyokat is átveszi.
• Beolvadás útján jogutódlással szűnik meg az Országos Betegjogi, Ellátottjogi, Gyermekjogi és Dokumentációs Központ, jogutódja azEmberi Erőforrások Minisztériuma lesz. Hasonlóan szűnik meg azEgészségügyi Készletgazdálkodási Intézet, jogutódja az Állami Egészségügyi Ellátó Központ. Beolvadásos különválás miatt szintén az ÁEEK lesz az általános jogutódja az Egészségügyi Nyilvántartási és Képzési Központnak.
• Az Országos Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főfelügyelőségbeolvadásos különválás útján szűnik meg. Általános jogutódja a Pest Megyei Kormányhivatal. Az állami hulladékgazdálkodást közvetítő szervezet számára meghatározott igazgatási feladatait, valamint a környezetvédelmi törvény szerinti hatósági feladatait a Földművelésügyi Minisztérium, míg a környezetvédelmi és természetvédelmi hatósági és igazgatási feladatait a Nemzeti Fejlesztési Minisztérium látja el.
• A Herman Ottó Intézet jogutód nélkül szűnik meg, a feladatait főszabályként a Herman Ottó Intézet Nonprofit Korlátolt Felelősségű Társaság veszi át.
• A Földmérési és Távérzékelési Intézet beolvadás útján jogutódlással szűnik meg. Általános jogutódja a BFKH.
• Az Igazságügyi Hivatal beolvadás útján jogutódlással szűnik meg, általános jogutódja az Igazságügyi Minisztérium lesz, azonban az áldozatsegítéssel összefüggő, elsőfokú hatósági eljáráshoz kapcsolódó feladatok és a jogi segítségnyújtással összefüggő, hatósági és igazságügyi igazgatási eljáráshoz kapcsolódó feladatok tekintetében a fővárosi és megyei kormányhivatal, illetve a járási (fővárosi kerületi) hivatal; a kárpótlással összefüggő hatósági feladatok tekintetében a BFKH; az önálló bírósági végrehajtók ügyvitelének, hivatali működésének és magatartásának rendszeres ellenőrzése tekintetében a Magyar Bírósági Végrehajtói Kar; a Hivatal munkavégzéséhez szükséges tárgyi eszközökhöz kapcsolódó vagyonkezelői jogok és kötelezettségek tekintetében a Közbeszerzési Ellátási Főigazgatóság; míg az informatikaitelekommunikációs eszközökhöz kapcsolódó vagyonkezelői jogok és kötelezettségek tekintetében a NISZ látja el a Hivatal feladatait.
• A Nemzeti Fogyasztóvédelmi Hatóság szintén beolvadásos különválás útján jogutódlással szűnik meg, általános jogutódja az NFM lesz. A megszüntetés mellett a Kormány a fogyasztóvédelmi hatóságként eljáró szerveket is kijelöli közigazgatási hatósági ügyekben: a fővárosi és megyei kormányhivatal járási (fővárosi kerületi) hivatalát, a fővárosi és megyei kormányhivatal megyeszékhely szerinti járási (fővárosi kerületi) hivatalát, a Pest Megyei Kormányhivatalt, valamint a fogyasztóvédelemért felelős minisztert.
• A Nemzeti Közlekedési Hatóság beolvadás útján jogutódlással szűnik meg, általános jogutódja az NFM. Ugyanígy szűnik meg a Magyar Kereskedelmi Engedélyezési Hivatal, általános jogutódja a BFKH, így például a jövőben a BFKH-nál kell majd bejelenteni az utazásszervezői vagy utazásközvetítői tevékenység végzésének megkezdését.
• A Nemzeti Szakképzési és Felnőttképzési Hivatal feladatait a Pest Megyei Kormányhivatal látja el.
• Jogutódlással szűnik meg a Forster Gyula Nemzeti Örökségvédelmi és Vagyongazdálkodási Központ. A Központ kulturális örökség elemeinek nyilvántartásával kapcsolatos hatósági és egyéb tevékenységgel, a kulturális javak védelmével és a műtárgyfelügyelettel kapcsolatos hatósági és egyéb tevékenységgel, a világörökséggel, az állami elővásárlási jog gyakorlásával, a tudományos gyűjteményekkel, a kulturális örökségi értékek osztályozásával, az örökségvédelmi tanácsadói testületek működtetésével kapcsolatos feladatait a kulturális örökség védelméért felelős miniszter látja el. A Magyar Építészeti Múzeum fenntartói feladatait a Magyar Művészeti Akadémia látja el.
• 2016. december 31-én megszűnik az Eszterháza Kulturális, Kutató- és Fesztiválközpont, feladatait jogutódlással a „NISTEMA” Kereskedelmi és Szolgáltató Nonprofit Korlátolt Felelősségű Társaság veszi át. A Külügyi és Külgazdasági Intézet jogutód nélkül megszűnik. Korábbi feladatait a külpolitikáért felelős miniszter a Demokrácia Központ Közalapítvány közreműködésével látja el. Megszűnik a Mezőhegyesi Állami Ménes is, feladatait jogutódlással a Nemzeti Ménesbirtok és Tangazdasági Zártkörűen Működő Részvénytársaság látja el.
• Ugyancsak jogutódlással szűnik meg a Közlekedésfejlesztési Koordinációs Központ, jogutódja az NFM lesz. Az országos közúti vagyonkezelői feladatok, valamint az ahhoz kapcsolódó jogviszonyok tekintetében a közfeladat átvevője a Magyar Közút Nonprofit Zártkörűen Működő Részvénytársaság.

• Az Országos Epidemiológiai Központ beolvadásos különválás útján szűnik meg. Általános jogutódja az Országos Közegészségügyi Központ, aminek azonban a megnevezése Országos Közegészségügyi Intézetre módosul. A Központ stratégiai és módszertani feladatait az Emberi Erőforrások Minisztériuma veszi át.
• Az Országos Tisztifőorvosi Hivatal szintén beolvadásos különválás útján szűnik meg, az általános jogutódja az Emberi Erőforrások Minisztériuma. Az európai uniós projektjei megvalósításával kapcsolatos feladatok, a munkaegészségügyi az Országos Közegészségügyi Intézethez kerülnek, míg a praxisprogramokkal kapcsolatos feladatokat az ÁEEK látja majd el, de kerülnek feladatok a BFKH-hoz, illetve a megyei kormányhivatalokhoz is. Megszűnik aNemzeti Egészségfejlesztési Intézet is, általános jogutódja az Emberi Erőforrások Minisztériuma lesz, az egészségügyi szolgáltatói feladatait az Állami Egészségügyi Ellátó Központ látja majd el.

Bár szorosan kapcsolódik a Nemzeti Közlekedési Hatóság megszüntetéséhez ez a rész, a könnyebb átláthatóság érdekében érdemes külön foglalkozni a szükségessé vált hatósági kijelöléssel a közlekedési hatóságok terén. A kijelölés meghatározott ügycsoportok szerint történik a jövőben. Útügyi közlekedési hatóságkéntelsőfokon Budapest Főváros Kormányhivatala jár el, másodfokon a miniszter, például a  transzeurópai közúthálózat részét képező, 500 méter hosszt meghaladó alagutakkal kapcsolatos közlekedési hatósági hatáskörök gyakorlása, az  országos közúthálózatba tartozó gyorsforgalmi utak és a  közúti határátkelőhelyek hídjai, valamint a harminc méter szabadnyílást meghaladó hidak kiviteli tervének jóváhagyása, a vasúti átjáró létesítésének, áthelyezésének és megszüntetésének, valamint a létesítés és az áthelyezés során a vasúti átjáró biztosítási módjának és forgalmi rendjének engedélyezése során.

Szintén útügyi közlekedési hatóságként jár el elsőfokon a  megyeszékhely szerinti járási hivatal, Pest megyében az  Érdi Járási Hivatal, Budapest fővárosban a Budapest Főváros Kormányhivatala III. Kerületi Hivatala, másodfokon pedig a fővárosi és megyei kormányhivatal például a  közútkezelői felszólítás eredménytelensége esetén a  közút állagát, a  közúti forgalom biztonságát, zavartalanságát sértők vagy veszélyeztetők kötelezése, a vasúti gyalogos-átkelőhely létesítésének, áthelyezésének, forgalomba helyezésének, megszüntetésének engedélyezése, az ideiglenes vasúti átjáró létesítésének, megszüntetésének, forgalomba helyezésének engedélyezése, vagy a vasúti átjáró és a vasúti gyalogos-átkelőhely ideiglenes szüneteltetésének elrendelése során.

A közúti gépjármű-közlekedéssel kapcsolatos ügyekben közlekedési hatóságként meghatározott ügyekben a miniszter, más ügyekben első fokon országos illetékességgel Budapest Főváros Kormányhivatala, másodfokon a miniszter, míg szintén meghatározott ügycsoportok esetében első fokon a megyei illetékességgel eljáró járási hivatal, Pest megyében az  Érdi Járási Hivatal, Budapest fővárosban Budapest Főváros Kormányhivatala III. Kerületi Hivatala, másodfokon pedig a  fővárosi és megyei kormányhivatal kerül hatóságként kijelölésre.

Vasúti közlekedési hatóságként főszabályként a miniszter, míg a vasúti közlekedés biztonságával összefüggő munkakört betöltő vasúti munkavállalók elsőfokú időszakos, soron kívüli és záró, valamint az előzetes egészségi alkalmassági vizsgálata tekintetében elsőfokú hatóságként a Vasútegészségügyi Szolgáltató Nonprofit Közhasznú Korlátolt Felelősségű Társaságot másodfokú hatóságként pedig a miniszter kerül kijelölésre.

Hajózási hatóságként a miniszter, vagy országos illetékességgel első fokon Budapest Főváros Kormányhivatala, másodfokon a miniszter, míg meghatározott nemzetközi esetekben Magyarország konzuli tisztviselője kerül kinevezésre. Utóbbi esetkörbe tartozik, amikor az ország határain kívül kell hatósági jogkörben eljárni a képesítő okmányok, a szolgálati könyvek ideiglenes pótlása, meghosszabbítása, valamint a hajóokmányok érvényességi idejének ideiglenes meghosszabbítása tekintetében.

Légiközlekedési hatóságként kizárólag a miniszter kerül kinevezésre, akár csak autóbuszos piacfelügyeleti és utasjogi hatóságként. Mindezeken felül a rendelet tartalmazza még a közlekedési sajátos építményfajták építésfelügyeletét ellátó hatóságra, a szolgáltatás felügyeletét ellátó hatóságokra, az erdészeti magánút közforgalom számára történő megnyitására jogosult hatóságra vonatkozó szabályokat is.