Hiram Bingham sok kõ, bronz, kerámia és obszidián tárgyat talált, de aranyból és ezüstbõl valót, egyet sem. Pedig e nemesfémek minden bizonnyal itt is mesés gazdagságban halmozódtak fel, akárcsak a cuzcói Nap-templom híres kertjében, ahol az állatok, növények, köztük a kukorica életnagyságú mását készítették el színaranyból. Valószínûtlen, hogy a spanyolok rabolták el az aranyat és ezüstöt, õk ugyanis feltehetõleg soha nem találtak rá Machu Picchura. Pedig mindig nagy erõfeszítést tettek azért, hogy felkutassák a lakott perui indián településeket, s mielõtt minden értékétõl megfosztották, részletes feljegyzéseket készítettek róluk. A spanyolok beszámolóiban azonban egyetlen utalás sincs Machu Picchura. Dr. Vidor Angles Vargas, perui tudós szerint a város a 15. század vége felé, még a spanyolok megérkezése elõtt elnéptelenedett. Ám ennek oka a szentélyt övezõ, mély titkok közé tartozik.

A rivális inka törzsek közti háborúskodások mindennaposak és véresek voltak, s gyakran a teljes közösség kipusztulásához vezettek. Amikor pl. az inka vezér, Huajna Kapak legyõzte a karancso törzset, elrendelte a túlélõk teljes kiirtását. Talán hasonló sorsra jutottak Machu Picchu lakói. Megtörténhetett az is, hogy egy papnövendék megbecstelenített egy ajllát, a Nap szüzeinek egyikét. Garcilaso de la Vega, egy spanyol konkvisztádor és egy inka hercegnõ fia, kimerítõ tanulmányt írt az inka szokásokról. Itt olvashatjuk, hogy nemcsak arra várt halál, akit az ajlla ellen elkövetett nemi erõszak bûnében vétkesnek találtak, "de megölték a szolgáit, rokonait, szomszédait, a vele egy városban élõket és valamennyi jószágát. Senki nem maradt életben... A városra átkot mondtak, kiközösítették, hogy mindenki, még az állatok is elkerüljék." Ez lett vajon a sorsa Machu Picchu lakóinak is ?

Még ma is meglehetõsen gyakoriak a járványok, például az 1940-es malária a Machu Picchuhoz közeli vidéken megtizedelte a lakosságot. Az ásatások során Hiram Bingham egy gazdag asszony csontvázára bukkant. Az elvégzett vizsgálatok kimutatták, hogy az asszony szifiliszben halt meg, az pedig valószínûtlen, hogy egyedül õ szenvedett volna ebben a betegségben. Talán pestis ütötte fel a fejét, s a ragály terjedésének megakadályozására a hatóságok hosszú idõre elzárták a szentélyt a külvilágtól. A városban talált csontvázak modern mûszerekkel, pl. röntgennel, (amely nem állt Bingham rendelkezésére), való vizsgálata talán fényt vethet a titokra, ellenkezõ esetben Machu Picchu hirtelen elnéptelenedésének oka örök rejtély maradhat.