Az irodalom fejlődése Debrecenben szorosan kötődik a reformáció vallási harcaihoz. Ekkor még az irodalom fogalmába beletartozott a vallásos és tudományos irodalom is.
Huszár Gál (?–1575) Kassáról menekült Debrecenbe. Ide hozta nyomdáját, amelyen kinyomtatta énekeskönyvét, Kálmáncsehi Sánta Márton graduálját és több Méliusz-művet. Az előbbi nyomtatványoknak egy példánya nemrégiben került elő külföldről. Korábban egyetlen példányát sem ismertük ezeknek a műveknek. Huszár Gál nem maradt sokáig Debrecenben, de a nyomdát itt hagyta, megvetve ezzel a legrégebbi, folyamatosan működő magyar ipari üzem, a 420 éves debreceni Alföldi Nyomda alapjait.
Debrecen kiemelkedő kulturális szerepe az évszázadok során nagyrészt a Református Kollégiumnak volt köszönhető. Az egyre magasabb színvonalú oktatási intézmény igen nagy hatókörrel rendelkezett. Az iskola tanárai és diákjai eljutottak Európa legjobb protestáns egyetemeire, és hazatérve prédikátorként vagy tanárként széles körben terjesztették a legkorszerűbb tudományos ismereteket. A Kollégium az évszázadok során kiterjedt iskolahálózatot teremtett, ezen keresztül lehetővé tette a tanulást a szegények tehetséges gyermekei számára is. Talán ebben a tényben kell keresnünk a plebejus szellemű debreceni kultúra gyökereit is. Az iskola egyre gazdagodó könyvtára a diákság számára lehetővé tette a sokoldalú tájékozódást.
Az iskola, a könyvtár és a nyomda ez idő tájt a reformáció „fegyvertára” volt. Debrecenben nemcsak a katolikusok és a protestánsok vallási harca éleződött ki, hanem a reformáció magyarországi irányzatai is itt csaptak össze. E harcok középpontjában Méliusz Juhász Péter állt. 
Méliusz Juhász Péter 1532 körül született. Sárváron, majd Wittenbergben tanult, ahol lehetősége volt a természettudományok tanulmányozására is. Botanikai érdeklődésére utal Herbarium című munkája. A prédikáció és a vitairat nyomtatásban terjesztett igazán nagyarányú irodalmi műfajjá Mélius Juhász Péter munkásságában emelkedett. Vele kezdődik a vallásos értekező stílus; ő a megteremtője a magyar nyelvű  teológus-prózának.
1557 végétől kezdve debreceni lelkészként tevékenykedett. Csakhamar a helvét reformáció tanainak legnagyobb hatású terjesztőjévé vált. 1561-től a tiszántúli egyházkerület püspöke lett, és ettől kezdve még élesebb hitvitákat folytatott a katolikus és lutheránus tanok képviselőivel. A később fellépő, radikális irányzatokkal, például az anabaptista és antitrinitárius tanokkal is szembehelyezkedett.
Hatalmas szervező erejével Debrecent ő tette református központtá s egy országhatárokon is túlterjeszkedő egyházkerület székhelyévé. Méliusnak ez a szerepe és sikere szorosan összefüggött Debrecen sajátos helyzetével: az ország leggazdagabb mezővárosa volt, melynek az 1560-as években további kiváltságokat sikerült szereznie. Mélius a város deák-műveltségű vezető rétegének volt szellemi vezetője, s ennek a dúsgazdag kereskedő-polgárságnak ekkor már nem a feudális osztállyal való további küzdelem, hanem az eredmények konzerválása, szilárd egyházi szervezet kialakítása volt az érdeke. Írásaiban is mindenekelőtt ennek a rétegnek az igényeit tartotta szemmel. Irodalmi munkássága Bibliafordítások mellett javarészt propagatív célú teológiai, valamint egyházszervezést szolgáló gyakorlati műveket ölel fel.
Műveivel a város vezetőit éppúgy maga mellé állította, mint lelkesítő szónoklataival az egyszerű „kereskedő és árros népeket”. A reformáció harcainak jelentős csatái voltak az ún. disputák, a nyilvános hitviták. Egy – feltehetően Kolozsvárott keletkezett – szatirikus vitadráma, amelyet Debreceni disputa (Válaszúti komédia) néven ismerünk, Méliuszt veszi célba.
Az ellenreformáció cenzúrarendelete megtiltotta az egyházi vonatkozású művek szabad kinyomtatását. Ez a bürokratikus rendelkezés – szándékától függetlenül – pozitív eredménnyel is jár. A szépirodalom magyar nyelvűvé válásában nagy szerepet játszó históriákra a cenzúra nem vonatkozott. A bibliai história műfajának egyik jelentős képviselője, Dézsi András Debrecenben működött prédikátorként és az iskola rektoraként a 16. század közepén.
A históriás énekeket szerzőik dallammal együtt írták, és többnyire saját maguk is adták elő. Dallamaik jórészt egyházi és világi énekek adaptációi voltak. Hangszerként lantot vagy hegedűt használtak. A világi témájú széphistóriák, amelyek füzetsorozat formájában jelentek meg Debrecenben is, csakhamar igen népszerű olvasmányokká váltak. Ezek során látott napvilágot Debrecenben a Toldi-monda első irodalmi feldolgozása, Ilosvai Selymes Péter históriás éneke. Tinódi Sebestyén, a történeti históriáról ismert énekesszerző Debrecenben írta Cronica címen megjelent gyűjteményének több darabját.
A humanista európai szépirodalom magyarítása is divatos még ebben az időszakban. Némelyik átdolgozásban az erkölcsi tanítás mellett már a nemzeti öntudat felébresztése is célja volt a szerzőnek. Istvánfi Pál Petrarca nyomán írta meg a Historia Regis Volter című széphistóriát, amely 1574-ben jelent meg Debrecenben. Csáktornyai János 1591-ben megjelent munkája Erasmus erkölcsi nézeteit közvetíti. A magyar történelmi eseményeket feldolgozó históriák egy része már nemcsak tanítani, hanem gyönyörködtetni is akarta olvasóit. Ilyennek tarthatjuk Valkai András Bánk bán históriáját vagy Nagybáncsai Mátyás Hunyadi Jánosról írt művét.
A debreceni nyomdának a város művelt polgárai mellett ki kellett szolgálnia az iskola igényeit is. Ekkor az oktatás még latin nyelven folyt, így csak elvétve jelenhettek meg magyar nyelvű tankönyvek. Az első magyar nyelvű számtankönyv, amelyet feltehetően Laskai János fordított, Debrecenben jelent meg 1577-ben. Igen népszerű olvasmány lehetett az 1600-as évek második felétől kezdve Barta Boldizsár krónikája, amely a város történetét dolgozta fel. Bartha Boldizsár Szoboszlón született 1623-ban. A debreceni kollégium elvégzése után szűcsmesterséget tanult. 1660–71 között első céhmester. 1657-től városi szenátor, közben többször esküdt bíró, borbíró, utcaszeri bíró. 1686- és 1689-ben a város főbírája. Szenátori és főbírói méltóságában többször járt követségben a váradi és a budai pasánál, a Portán és Bécsben. Munkája a „Rövid Chronica avagy oly beszélgetés, mely az közelb elmult száz esztendők alatt Debreczenben esett emlékezetesebb dolgokrúl... irattatott és szedegettetett össze.” (megjelent: Debrecen, 1666) városa 1564-1664 közötti történetét dolgozta fel, az 1564-től terjedő időt protocollumokból és registromokból, hiteles emberek visszaemlékezéseiből, saját korának történetét mint szemtanú írta meg.
Komáromi Csipkés György (1628–1678) korának kiemelkedő nyelvtehetsége és nagy hatású prédikátora volt. Ő írta az első magyar nyelvű angol nyelvtant Eredeti bibliafordítását halála után a város költségén nyomtatták ki Leydenben.
Lisznyai Kovács Pál, a Kollégium neves tanára, több latin és magyar nyelvű történeti munkával tette ismertté nevét. A háromszéki Lisznyón született 1630-ban, előbb Erdélyben, 1663-tól Sárospatakon tanult, majd 1667-ben a főiskolává szervezett Kassai Református Gimnáziumban lett tanár s alighanem tanári pályán maradt is volna, ha 1671-ben iskoláját az ellenreformáció meg nem szünteti. Ekkor indult, már érett fővel, külföldi peregrinációra s hosszú évekig tanult Groningenben, majd Leidenben, ahol tudományos profilja kialakult. 1678-ban hazatért Magyarországra, de katonának fogták, míg a debreceniek kiváltották s 1679-ben Martonfalvi és Szilágyi mellé harmadik professzornak alkalmazták a Kollégiumban, ahol 1693-ban bekövetkezett haláláig tanított.
Latin verseket és történeti műveket is írt, főleg a hunok és magyarok középkori históriájával foglalkozott. Fő művei: Professionum Scholasticarum (pars I, II, III., Debrecini, 1683 – 1690); Magyarok Cronicaja … (Debrecini, 1692); Origo Gentium Debrecini, 1693).
Mindazok az új eszmék, amelyek a külföldet járt kollégiumi professzorok és diákok révén eljutottak Debrecenbe, bekapcsolták a várost Európa szellemi áramlataiba, és ezáltal előkészítették a talajt a felvilágosodás számára.

debrecen.hu