A vízi közlekedést illetően a hangsúly a tengeri közlekedés, forgalom ellenőrzésén van. Tengeri forgalomnak számít minden egy, vagy több kikötő, illetve kikötési pont között végzett navigációs tevékenység, néhány kivételtől eltekintve.

 Az ellenőrzést az érkezés vagy indulás helye szerinti kikötőben végzik el, az adott hajó fedélzetén vagy az erre a célra elkülönített, a kikötő közvetlen közelében található helyen.

A légi ellenőrzéshez hasonlóan, ha egy tengerjáró hajó a schengeni területen található több kikötőben kiköt anélkül, hogy a schengeni térségen kívül található kikötőben is kikötne, akkor az ellenőrzést csak a tagállamok területén található első és utolsó kikötőben kell elvégezni.